頼まれたので作ってみました。IE4.0のみ(笑)対応です。
ダウンロード後、ファイルを実行する事により JavaScript(アクティブスクリプト)が有効な場合は無効に、 無効な場合は有効にワンタッチで切り替えます。 切り替え後、ブラウザをリロードする事により設定が反映されるようになります。
変更されるのは[インターネットゾーン]における設定です。
ちなみに、IE5.0ではなんらかのRefreshアクションを行わないと(ブラウザの再起動など） 設定が反映されないようです。
デスクトップや、Win98のタスクバーにショートカットを入れておくと便利やもしれません。

*注意
レジストリを書きかえるスクリプトです。 ご使用前に必ず、レジストリのバックアップを行ってから実行する様にして下さい。
Internet Explorer4.01(Win98)の環境下で動作確認を行いましたが、 細かいバージョンの差異などで、動作しない可能性がありますのでご了承ください。

<< jsswitch.js >>

/* JS-Switch v1.0 */

var confirmFlag = true;  //確認ボックスを開くかどうか(true/false)


/* main */
var rslt;
var WshShell = WScript.CreateObject("WScript.Shell");


var ieRegDir = "HKCU\\Software\\Microsoft\\Windows\\CurrentVersion\\Internet Settings\\Zones\\3\\1400";
var getkey = WshShell.RegRead(ieRegDir) 
  if(getkey == null) WScript.Quit();

if(getkey == 3) {
  WshShell.RegWrite(ieRegDir, 0 ,"REG_DWORD"); //有効
  rslt = "有効"
}
else if(getkey == 0) {
  WshShell.RegWrite(ieRegDir, 3 ,"REG_DWORD"); //無効
  rslt = "無効"
}
else {
  WScript.Echo("有効/無効以外の所にチェックがされています。\n終了します。");
  WScript.Quit();  
}


if(confirmFlag)
 WScript.Echo("JavaScriptを "+rslt+" にしました。");

WScript.Quit();